Json кодира цял набор от резултати от mysql

Ако бях на твое място, не бих json_encode всеки отделен масив, но обединете масивите заедно и след това json_encode обединения масив в края. По-долу е даден пример за използване на 5.4 синтаксис на кратък масив:

$out = [];
while(...) {
  $out[] = [ 'id' => $i, 'name' => $row['name'] ];
}
echo json_encode($out);