Тъй като този въпрос е написан, mysql въведе оператор на космически кораб което ни позволява да използваме обикновена заявка за съвпадение с нулева стойност
WHERE fieldName <=> :fieldName;
ще съответства и на null
или каквато и да е стойност, която не е нула.
Така че просто напишете заявката си веднага и я изпълнете както обикновено
$stmt = $db->prepare('SELECT field FROM table WHERE fieldName <=> :fieldName;');
$stmt->execute(['fieldName' => null]);
$result = $stmt->fetchAll(); // whatever fetch method is suitable
И с динамично изградените заявки всичко е същото.