В случай, че някой друг се сблъска с това, това е случай, че PHP няма достъп до клиентските библиотеки на mysql. Наличието на MySQL сървър в системата не е правилното решение. Поправка за ubuntu (и PHP 5):
sudo apt-get install php5-mysql
След инсталиране на клиента уеб сървърът трябва да се рестартира. В случай, че използвате apache, трябва да работи следното:
sudo service apache2 restart