Не се нуждаете от substr или mysql за това. Първо вземете вашите дати без substr:
$tawal = date('Y-m-d', strtotime($date));
$takhir = date('Y-m-d', strtotime($date1));
Сега имате форматираните низове Y-m-d. За да намерите разликата, въпреки че не е нужно да конвертирате в Y-m-d, тъй като не се нуждаем от mysql. Можете да използвате този метод за да намерите разликата в секунди.
$diff = abs(strtotime($date2) - strtotime($date));
$years = floor($diff / (365*60*60*24));
$months = floor(($diff - $years * 365*60*60*24) / (30*60*60*24));
$days = floor(($diff - $years * 365*60*60*24 - $months*30*60*60*24)/ (60*60*24));