в момента не съм пред sql базата данни и следователно не мога да представя напълно проверен sql код. ако обаче полето ви num не е поле за автоматично увеличение, направете нещо подобно:
CREATE TEMPORARY TABLE temp_table_x (
num int auto_increment primary key,
reference_id int
);
INSERT temp_table_x (reference_id)
SELECT id FROM source_table ORDER BY id;
UPDATE source_table st
SET st.num = x.num
FROM temp_table_x x
WHERE reference_id = id;