Вероятно има някакъв начин да направите това чрез MySQL, но лесният (и надежден) начин е да използвате microtime на PHP функция, която връща текущото време като милисекунди.
Примерен код:
$sql = '...';
$msc = microtime(true);
mysql_query($sql);
$msc = microtime(true)-$msc;
echo $msc . ' s'; // in seconds
echo ($msc * 1000) . ' ms'; // in millseconds
