Ето отговора, предложен от Александър:
когато използвате id=LAST_INSERT_ID(id), той задава стойността на mysql_insert_id =актуализирания идентификатор - така че крайният ви код трябва да изглежда така:
<?
$query = mysql_query("
INSERT INTO table (column1, column2, column3)
VALUES (value1, value2, value3)
ON DUPLICATE KEY UPDATE
column1 = value1,
column2 = value2,
column3 = value3,
id=LAST_INSERT_ID(id)
");
$my_id = mysql_insert_id();
Това ще върне правилната стойност за $my_id независимо от актуализацията или вмъкването.