Проблемът, от който идва, са потребителските идентификатори, използвани съответно от Mac и Linux. Mac не харесва Linux, който иска да използва 1 за потребителския идентификатор.
Начинът, по който заобиколях всички лудости с разрешения в настройката на моя mac + docker-machine е да използвам този Dockerfile
FROM mysql:5.6
RUN usermod -u 1000 mysql
RUN mkdir -p /var/run/mysqld
RUN chmod -R 777 /var/run/mysqld
Вместо обикновеното изображение на MySQL 5.6.
Последните 2 реда са необходими, защото промяната на потребителския идентификатор за потребителя на mysql ще обърка вградените разрешения за това изображение. => имате нужда от разрешенията 777, за да го стартирате тук :/
Знам, че това е малко хакерско, но засега най-доброто решение, което познавам за проблема с разрешенията тук.