mysql_query()
не е част от PDO, така че DLL файловете, които проверявате (които са DLL на PDO за поддръжка на MySQL), не са тези, които трябва да проверявате. Искате да проверите php_mysql.dll
(.така на Linux сървъри).
Но PDO определено е правилният начин за достъп до MySQL. Това е много по-добре от използването на mysql_query().
Прочетете повече тук, на страницата на PDO на PHP .