Това се случва със съставен първичен ключ, който включва auto_increment. Създайте отново първичния ключ, така че да е чисто вашето поле auto_increment (empId), след което създайте уникален индекс за companyId и empId
РЕДАКТИРАНЕ
Имайте предвид, че това се отнася само за MyISAM и BDB таблици. Ако сте използвали InnoDB за вашите таблици, тогава той също ще работи както искате
