Във Varien_Db_Adapter_Pdo_Mysql
Magento 1.4 : lib/varien/Db/Adapter/Pdo/Mysql.php
задайте
protected $_debug = true;
protected $_logAllQueries = true;
и (ако вече няма) създайте папката, дефинирана в
protected $_debugFile = 'var/debug/sql.txt';
Дайте разрешение за четене/запис