Трябва да използвате GROUP BY два пъти, първо на (user_id, status) от следното, за да получите брои, след това на user_id от присъединена таблица за concat:
SELECT users.name, GROUP_CONCAT( CONCAT(f.status, ',', f.cnt) SEPARATOR '|' )
FROM users
JOIN
( SELECT user_id, status, count(id) AS cnt
FROM application_follows
GROUP BY user_id, status ) f
ON f.user_id = users.id
GROUP BY users.id