Доколкото знам, няма пълно външно присъединяване в MySql. Така че, за да направите това, от което се нуждаете, трябва да получите различни идентификатори в извлечената таблица и да се присъедините към оригиналните таблици:
select ids.id,
ifnull(table1.A, 0) A,
ifnull(table2.B, 0) B,
ifnull(table3.C, 0) C,
ifnull(table1.A, 0) + ifnull(table2.B, 0) - ifnull(table3.C, 0) R
from
(
select id
from table1
union
select id
from table2
union
select id
from table3
) ids
left join table1
on ids.id = table1.id
left join table2
on ids.id = table2.id
left join table3
on ids.id = table3.id