Да, Trim() ще работи в MySQL. Имате два избора.
1) изберете го:
select trim(BOTH '\n' from [field_name]) as field
Ако това не работи, опитайте '\r' , ако това не работи, опитайте '\n\r' .
2) заменете лошите данни във вашата таблица с актуализация...
update [table_name] set [field_name] = trim(BOTH '\n' from [field_name])
Препоръчвам първо да изберете, за да определите кой прекъсване на реда имате (\r или \n).