Е, ако сте използвали InnoDB таблици, бихте могли да настроите каскадно изтриване с външни ключове това ще направи всичко автоматично. Но ако имате някаква причина да използвате MyISAM, просто използвайте множество -таблица ИЗТРИВАНЕ :
DELETE FROM boards, topics, messages
USING boards INNER JOIN topics INNER JOIN messages
WHERE boards.boardid = $boardid
AND topics.boardid = boards.boardid
AND messages.boardid = boards.boardid;