SQL WHERE условието не е равно на?

Можете да направите това

DELETE FROM table WHERE id NOT IN ( 2 )

ИЛИ

DELETE FROM table WHERE id <>  2 

Както отбеляза @Frank Schmitt, може да искате да внимавате и за стойностите NULL. Ако искате да изтриете всичко, което не е 2 (включително NULL), след това добавете OR id IS NULL към клаузата WHERE.