В зависимост от предпочитания от вас метод за модифициране на PHP променливи (конфигурацията на Apache, .htaccess), променете стойността session.cookie_domain, за да бъде последователна стойност.
Имам множество поддомейни и всяка секция VirtualHost в конфигурационния файл на Apache съдържа следния ред:
php_value session.cookie_domain mydomain.com
Синтаксисът трябва да е подобен, ако правите промените във файл .htaccess.
Актуализирано за коментар на bobert5064:
За множество домейни (т.е. domain1.com, domain2.org), мисля, че е необходимо само да изберете общо име на домейн (т.е. domain1.com). Никога не съм опитвал това, така че не мога да проверя дали работи, но логиката изглежда точна.
Съществува и метод за задаване на посоката на променливите в PHP, описан в http://us.php.net/manual/en/function.session-set-cookie-params.php . Документацията не споменава възможността или невъзможността за задаване на бисквитки в различен домейн.