JOIN и GROUP_CONCAT с три таблици

Не е особено трудно.

1. Свържете трите таблици с помощта на клаузата JOIN.
2. Използвайте Group_concat за полетата, които ви интересуват.
3. Не забравяйте клаузата GROUP BY в полетата, които не обединявате или странно нещата ще се случат

SELECT u.id, 
       u.Name, 
       Group_concat(us.id_sport order by pref) sport_ids, 
       Group_concat(s.name order by pref)      sport_names 
FROM   users u 
       LEFT JOIN User_Sports us 
               ON u.id = us.id_user 
       LEFT  JOIN sports s 
               ON US.id_sport = s.id 
GROUP  BY u.id, 
          u.Name 

ДЕМО

Актуализиране LEFT JOIN за когато потребителят няма записи в User_Sports според коментари