Изглежда странно, че тази директория не е създадена при инсталиране - променили ли сте ръчно пътя на сокет файла в my.cfg?
Опитвали ли сте просто сами да създадете тази директория и да рестартирате услугата?
mkdir -p /var/run/mysqld
chown mysql:mysql /var/run/mysqld