Опитайте SET GLOBAL slow_query_log = 'ON';
и може би FLUSH LOGS;
Това предполага, че използвате MySQL 5.1 или по-нова версия. Ако използвате по-ранна версия, ще трябва да рестартирате сървъра. Това е документирано в Ръководството на MySQL . Можете да конфигурирате регистрационния файл или в конфигурационния файл, или в командния ред.