Малко късно тук, но като цяло съм виждал, че този проблем възниква, когато получите грешка „пълно пространство за таблици“, когато работите в режим „innodb_file_per_table“. Без да навлизам в твърде много подробности (повече тук ), пространството за таблици на сървъра на база данни се дефинира от настройката innodb_data_file_path и по подразбиране е доста малко. Дори и да е по-голямо, „пространството за таблици е пълно“ все още може да се появи с по-големи заявки и други (там се съхраняват много „неща“ извън таблицата, регистрационни файлове за отмяна, кешове и т.н...).
Както и да е, открих, че ако погледнете в директорията на OS, където се съхраняват файловете на таблица, /var/lib/mysql по подразбиране на OSX, /usr/local/var/mysql с homebrew iirc, ще намерите осиротел файл tablename.ibd без нормалния придружаващ файл tablename.frm. Ако преместите този .ibd файл на безопасно временно място (само за да сте сигурни), това би трябвало да реши проблема.
$ ls /var/lib/mysql
table1.frm
table1.idb
table2.frm
table2.idb
table3.idb <- problem table, no table3.frm
table4.frm
table4.idb
$ mkdir /tmp/mysql_orphans
$ mv /var/lib/mysql/table3.ibd /tmp/mysql_orphans/
Едно предупреждение обаче, уверете се, че това, което някога причинява проблема първоначално, напр. продължителна заявка, заключена таблица и т.н.... е изчистена. В противен случай просто ще получите друг осиротел .ibd файл, когато опитате втори път.