Не можете ли да посочите диалекта на Hibernate и да използвате
hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQLInnoDBDialect
Редактиране
От MySQL версия> 5.1 това трябва да е
hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect
за да избегнете този проблем Използване на "TYPE =InnoDB " в MySQL хвърля изключение