Без индекс поддържането на колона с автоматично увеличение става твърде скъпо, ето защо MySQL изисква колона с автоматично увеличение да бъде най-лявата част на индекс.
Трябва да премахнете свойството autoincrement, преди да пуснете ключа:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL;
ALTER TABLE user_customer_permission DROP PRIMARY KEY;
Имайте предвид, че имате съставен PRIMARY KEY който обхваща и трите колони и id не е гарантирано, че е уникален.
Ако се случи да е уникален, можете да го направите като PRIMARY KEY и AUTO_INCREMENT отново:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT;