Винаги бих се занимавал с cron, защото:
- Това е мястото, където системните администратори ще очакват да бъде (този момент не е за подценяване)
- crontab е устойчив на куршуми, изпитан във времето, изключително широко използван и разбираем
- Можете свободно да насочвате/анализирате съобщенията за грешка/успех, където пожелаете
- Някои задачи за база данни изискват/предпочитат mysql да е офлайн (напр. пълно архивиране), така че трябва да използвате cron за тях – лоша идея е някои задачи да се изпълняват с cron, а други – с mysql; няма да сте сигурни къде да търсите
- Можете да свържете други събития, които трябва да последват, ако имате шел скрипт
И накрая, просто защото можете направи нещо, не означава, че е добра идея. Mysql е добър в нещата с данни. Не го използвайте за "черупки" неща.