Базата данни не се изисква в jdbc връзката, така че можете да направите нещо като препоръчано в http://forums.mysql.com/read.php?39,99321,102211#msg-102211 и http://marc.info/?l=mysql-java&m=1045086055=11590&w 2 :
Conn = DriverManager.getConnection
("jdbc:mysql://localhost/?user=root&password=rootpassword");
s=Conn.createStatement();
int Result=s.executeUpdate("CREATE DATABASE databasename");