От сега недостъпно интернет архив:
Отидете на Редактиране -> Предпочитания -> SQL Editor и задайте на по-висока стойност този параметър:Време за изчакване на DBMS връзката (в секунди). Например:86400.
Затворете и отворете отново MySQL Workbench. Убийте предишната си заявка, която вероятно се изпълнява, и изпълнете заявката отново.