Имах подобен проблем и го реших, като проверих нишките, които се изпълняват. За да видите работещите нишки, използвайте следната команда в интерфейса на командния ред на mysql:
SHOW PROCESSLIST;
Може също да бъде изпратен от phpMyAdmin, ако нямате достъп до интерфейса на командния ред на mysql.
Това ще покаже списък с нишки със съответните идентификатори и време на изпълнение, така че можете да УБИЕТЕ нишките, които отнемат твърде много време за да изпълните. В phpMyAdmin ще имате бутон за спиране на нишки с помощта на KILL, ако използвате интерфейс на командния ред, просто използвайте командата KILL, последвана от идентификатора на нишката, както в следния пример:
KILL 115;
Това ще прекрати връзката за съответната нишка.
