Само в случай, че на някой все още му пука:
Имах същия проблем след копиране на директория на база данни директно с помощта на команда
cp -r /path/to/my/database /var/lib/mysql/new_database
Ако направите това с база данни, която използва InnoDB таблици, ще получите тази луда грешка „таблица не съществува“, спомената по-горе.
Проблемът е, че имате нужда от ib* файлове в корена на MySQL datadir (напр. ibdata1 , ib_logfile0 и ib_logfile1 ).
Когато ги копирах, ми свърши работа.
