Използвайте mysqlimport за да заредите таблица в базата данни:
mysqlimport --ignore-lines=1 \
--fields-terminated-by=, \
--local -u root \
-p Database \
TableName.csv
Намерих го на http://chriseiffel.com/everything-linux/how-to-import-a-large-csv-file-to-mysql/
За да направите разделителя табулатор, използвайте --fields-terminated-by='\t'