Можете да намерите тук документацията на SQLAlchemy, която обсъжда това. Oracle няма функция за автоматично нарастване и разчита на последователност, за да имитира поведението.
И така, вашата колона за id трябва да изглежда така:
id_seq = Sequence('id_seq')
id = db.Column(db.Integer, id_seq,
server_default=id_seq.next_value(), primary_key=True)
