Инсталирали сте JRE, а не JDK.
За да компилирате собствения код на JNI, трябва да инсталирате JDK, който идва с подходящата заглавка jni.h, както и със специфичните заглавки на ОС.
Когато направите това, актуализирайте своя път за включване до
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux