Не можете да използвате параметър в заявка като тази. Без да навлизаме в логиката зад това, най-добрият ви вариант е да свържете низа на заявката, преди да създадете заявка
String queryString = "select COUNT(tl.LOG_ID) AS EVTCOUNT,tl.PRIORITY FROM Customer_" + custId + " tl Where tl.DEVICE_REPORTED_TIME >= SysDate-90 GROUP BY tl.PRIORITY ORDER BY tl.PRIORITY";
Query query = session.createSQLQuery(queryString);
РЕДАКТИРАНЕ
Що се отнася до NamedQueries, те се компилират при стартиране на приложението, така че не мисля, че има начин да се промени целевият обект (таблица) по време на изпълнение.