Вероятно WebLogic Server Monitor е заключвал weblogic.jar, така че не сте могли да надстроите сървъра.
Имах същия проблем и го реших, като преминах към ново работно пространство. Там бих могъл да добавя отново сървъра и да го надстроя, без да ме безпокои WebLogic Server Monitor.