PHP трябва да знае откъде да зареди своето разширение (това свързва PHP с доставените от Oracle libs). Тъй като работи от CLI, изглежда сте инсталирали пакета.
Ако ini файловете са еднакви, трябва също да проверите:
1) запомнихте ли да рестартирате apache след конфигурирането на библиотеките на oracle?
2) Вашият уеб сървър работи ли като chroot?
3) какви са разрешенията за разширението oci8? (т.е. чете ли се от uid на уеб сървъра)
Трябва също да добавите пътя към .so файловете на oracle към вашия ld.so.conf и да стартирате ldd или да промените вашите Env vars - но това ще даде грешка, различна от тази, която описвате, ако го пропуснете.
HTH
C.