Как да съпоставя към и от сложен тип в EF4.3 код първо?

Така че вместо GetSequence използвайте свойство:

public class InvoiceNumberSequence { 
    public string Prefix { get; set; }
    public int Number { get; set; }

    public string Sequence {
        get { retrun Prefix + Number; }
        set { // Add your parsing logic }
    }
}

И в картографирането добавете:

modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Property(p => p.Sequence)
            .HasColumnName("INVOICE_SEQ");
modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Ignore(p => p.Prefix);
modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Ignore(p => p.Number);