хммм, опитайте с
$this->db->query("CALL update_letter_body(".$body_letter.",".$insert_id.")");
call_function
позволява ви да извиквате PHP функции на бази данни, които не са включени първоначално в CodeIgniter, а не за извикване на процедури, които сте написали.
проверете документацията
https://www.codeigniter.com/user_guide/database/call_function.html