как да направя запитване към таблицата за присъединяване с помощта на хибернация?

Това, което искате да направите, е да създадете въведена заявка. С правилно картографиране можете да получите и свързани обекти - няма нужда да правите заявки за свързване на таблици като ORM ще направи това вместо вас:

Query query = session.createQuery(hql);
List<TestProject> results = query.list();

for (TestProject row : results) {
    //what to do here
    // do whatever you want
}

И с правилно картографиране на релации можете да получите релации като тези:

for (TestProject row : results) {
    Set<TestEmployee> employees=row.getEmployeesList();
    // do more work.
}

Колкото до "как да" - темата е твърде широка, за да я обхване в един отговор и т.н., но трябва да можете да започнете от тук - http://hibernate.org/orm/documentation/5.1/