Първи миграции на независим от схемата Entity Framework Code

Можете да създадете производен DbContext и "замени" modelBuilder.HasDefaultSchema(...) в OnModelCreating :

public class TestDbContext : ProductionDbContext
{
    protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder)
    {
        base.OnModelCreating(modelBuilder);

        modelBuilder.HasDefaultSchema("TestSchema");
    }
}

След това можете да създадете миграции и за двата контекста. Вижте този въпрос как да създадете две миграции в един проект.

Недостатъкът на този подход е, че трябва да поддържате две отделни миграции. Но ви дава възможност да коригирате конфигурацията на вашия TestDbContext .