Възможно ли е да се използва обект Array като параметър в анотацията @Query на Spring Repository?

Използвайте колекция вместо масив (Set<String> ) и се уверете, че не е празно (в противен случай заявката ще бъде невалидна.

Освен това няма причина да използвате собствена заявка за това и не трябва да имате скоби около параметъра:

@Query("SELECT l1 FROM Location l1 WHERE l1.node.id IN :ids")
List<Location> findLocationsByNodeIds(@Param("ids") Set<String> ids);