Получих идея от SQLAlchemy func.count за булева колона
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Ако вашият SQLAlchemy е най-новата версия, можете да използвате
.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
който е по-чист от стария.