Успях да реша проблема си, като деинсталирах и след това повторно инсталирах всички библиотеки (като ubuntu пакети), интерпретатора на python, целия код, чрез повторно генериране на базата данни (включително преинсталиране на postgis) и след това чрез пълно рестартиране на nginx (и по този начин gunicorn). Въпреки това не бяха актуализирани библиотеки, така че все още не разбирам какво наистина се е случило.
