Това изглежда е проблем, свързан с RDS, където след минути видях, че е приложена корекция към RDS чрез регистрационните файлове на събитията. След прилагане на корекцията, стартиране на alter extension postgis update
команда успешно надстрои разширението PostGIS. Затварям този въпрос за сега.