Ако използвате флага
PlayKeys.externalizeResources := false
zip файлът за разпространение е създаден без conf папка и така файлът META-INF/persistence.xml не е включен. Предполагам, че в този случай Play открива JPA модела чрез сканиране за всички анотации в DB. Ако имате в conf папка конфигурационни файлове, които са предназначени за редактиране на място, пакет за разпространение без conf папката не е подходяща.
За да коригирате проблема си с DB без флага PlayKeys.externalizeResources трябва да добавите съпоставянето на своя DB модел в persistence.xml . Вижте примера в друг отговор