Така се оказва, че начинът, по който импортирах, е неправилен.
Но основно импортирането трябва да е така:
import clr
import sys
sys.path.append(os.path.abspath('./DLL')) #where your dlls are
clr.AddReference('System')
clr.AddReference('FluentNHibernate')
from FluentNHibernate.Cfg.Db import PostgreSQLConfiguration
Няма нужда да импортирате DLL, ако друг DLL го импортира в clr.