Имах абсолютно същия проблем с postgres db и Django приложение, работещо с docker-compose.
Оказва се, че Dockerfile на моето приложение използва входна точка, в която е изпълнена следната команда:python manage.py flush който изчиства всички данни в базата данни. Тъй като това се изпълнява всеки път, когато контейнерът на приложението стартира, той изчиства всички данни. Нямаше нищо общо с docker-compose.
