JPA 2.1 вече поддържа съхранена процедура, прочетете документа на Java тук .
Пример:
StoredProcedureQuery storedProcedure = em.createStoredProcedureQuery("sales_tax");
// set parameters
storedProcedure.registerStoredProcedureParameter("subtotal", Double.class, ParameterMode.IN);
storedProcedure.registerStoredProcedureParameter("tax", Double.class, ParameterMode.OUT);
storedProcedure.setParameter("subtotal", 1f);
// execute SP
storedProcedure.execute();
// get result
Double tax = (Double)storedProcedure.getOutputParameterValue("tax");
Вижте подробен пример тук .