След извикване на to_sql:
import sqlalchemy
engine = create_engine()
engine.execute('ALTER TABLE schema.table ADD PRIMARY KEY (keycolumn);')
За съжаление, pandas.to_sql не задава първичен ключ, той дори унищожава първичния ключ на съществуваща таблица. Човек трябва да знае за първичните ключове.