За Pycharm просто отидете на Run -> Edit Configurations, изберете вашия проект отдясно на прозореца от Debug Configuration и ще видите променливи на средата вдясно. Уверете се, че сте задали DJANGO_SETTINGS_MODULE=mysite.settings, ако не просто добавите такъв, то е толкова лесно, колкото да попълните двойка ключ стойност от изскачащия диалогов прозорец.
