sqlalchemy множество външни ключове към една и съща таблица

Не е напълно ясно какво точно причинява проблема, тъй като сте пропуснали най-важната част - код, който хвърля това изключение, но ако добавите свойства на връзка към клас PostModel хвърляния, които се опитват да добавят чужди_ключове параметър към връзка обадете се по следния начин:

class PostModel(...):
    # ...
    subject1_id = Column(db.Column(db.BigInteger, db.ForeignKey(EntitiesModel.id), nullable=False)
    subject2_id = Column(db.Column(db.BigInteger, db.ForeignKey(EntitiesModel.id), nullable=False)
    subject1 = relationship(EntitiesModel, foreign_keys=subject1_id)
    subject2 = relationship(EntitiesModel, foreign_keys=subject2_id)