Мисля, че можете да зададете autocommit
във Flask-SQLAlchemy прави това:
from flask.ext.sqlalchemy import SQLAlchemy
db = SQLAlchemy(session_options={'autocommit': True})
Редактиране:'flask.ext.' формулярът вече е оттеглен (вижте тук )
from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy
db = SQLAlchemy(session_options={'autocommit': True})